للفشل في الحياة الدنيا والخيبة في عالم الآخرة عوامل وبواعث ومسببات أشار إليها الإمام الباقر (ع) في أقواله وكلماته وحِكَمه القصيرة، ومنها: ما روي عنه (ع) أنه قال: «ثَلاثٌ قاصِماتُ الظَّهرِ: رَجُلٌ استَكثَرَ عَمَلَهُ، ونَسِيَ ذُنوبَهُ، وأُعجِبَ بِرَأيِهِ» ومعنى «قاصِماتُ الظَّهرِ» ما يجعل الظهر غير مستقيم، مما يفقده القدرة على الحركة الطبيعية والسير بطريقة مستقيمة، وريما يفقده حتى القدرة على المشي مما يجعله حبيس الدار، وفي هذا إشارة مهمة إلى عوامل االتي تعيق المرء عن تحقيق أهدافه في الحياة الدنيا، والخيبة والخسران في الآخرة.

من أبرز الصفات الشخصية عند الإمام الباقر (ع) الحلم، فكان يقابل الإساءة بالإحسان، والقطيعة بالصلة، والإهانة بالعفو، والكلام الفظ بكلام لطيف، وهو القائل: «إنّا أهلَ البَيتِ نَصِلُ مَن قَطَعَنا، ونُحسِنُ إلى‏ مَن أساءَ إلَينا، فَنَرى‏ وَاللَّهِ في ذلِكَ العاقِبَةَ الحَسَنَةَ»

للإمام الباقر (ع) إسهامات كبيرة في تدوين الحديث النبوي الشريف، ونشره بين الخاصة والعامة، وذلك لما للحديث من أهمية قصوى في بيان معالم الدين وأحكامه، فهو المصدر الثاني للتشريع بعد القرآن الكريم، كما أن المخصص لعمومات القرآن الحكيم، أو مقيد لمطلقاته، ومبين لناسخه من منسوخه. كما أن الحديث الشريف مصدر مهم لبيان أكثر الأحكام الشرعية في العبادات والمعاملات والعقود وغيرها.

يُعد علم الأصول من العلوم الإسلامية الخالصة، وهو نتاج العقل الإسلامي من دون أن يشاركه فيه أحد، ولم يكن هذا العلم في بدايته علماً مستقلاً؛ بل كان متداخلاً مع علم الفقه، ثم تحول إلى علم مستقل بذاته، له مادته وموضوعه وقواعده ومنهجه.

قامت جامعة أهل البيت التي أسسها الإمام الباقر (ع) بإعداد وتأهيل وتربية جيل من الفقهاء والعلماء والرواة والمفسرين والكُتَّاب، وقد تخرج من هذه الجامعة علماء كبار في مجالات علمية متنوعة كالفقه والتفسير والحديث والكلام، وكان لكل واحد منهم ثقله العلمي والمعرفي.

اشتد في عصر الإمام محمد الباقر (ع) الجدال والسجال حول العديد من المسائل والمباحث الكلامية والاعتقادية، وكان لنشوء الفرق والتيارات المختلفة أكبر الأثر في إشاعة بعض المفاهيم والعقائد المنحرفة، وهو الأمر الذي جعل الإمام الباقر (ع) يتصدى بقوة لرد تلك الانحرافات العقدية، وبيان الحق فيها.

اشتهر الإمام محمد الباقر (ع) في زمانه شهرة عظيمة بمكانته العلمية الراقية، مما جعل العلماء والفقهاء والرواة يفدون إلى مجلسه للاستفادة من نمير علومه، و لما عُرِف عنه من تنوع معارفه، وتضلعه في مختلف العلوم الإسلامية.